Kompetensi Keahlian Nautika Kapal Niaga bertujuan mempersiapkan tenaga pelaut profesional yang tanggap terhadap kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi khususnya bidang kemaritiman. Kompetensi ini menekankan pada pengoperasian kapal termasuk penanganan keselamatan pelayaran, pengaturan muatan, dan pemahaman terhadap peraturan kemaritiman Nasional maupun Internasional. Pelayaran Kapal Niaga terfokus pada transportasi, logistik dan kemaritiman.